После событий Antlion Troopers вы снова играете за молодого солдата Альянса. Благодаря вашим образцовым действиям в первой схватке с муравьиными львами Советники Альянса направили вас на путь становления командиром. Они поместили вас под опеку Командира Веска, чтобы обучить навыкам, необходимым для того, чтобы стать настоящим командиром. Ваша первая миссия в качестве стажера — оказать поддержку форпосту где-то в пустыне Долины Смерти. Муравьиные львы там были довольно беспокойными, а оборонительная техника выходила из строя. Без действующих ударников база, как ожидается, быстро падет по прихоти толп муравьиных львов.